重庆市中医研究院医院位于渝中区一号桥、小什字和道门口三地，计划年内搬迁一号桥和小什字院部至江北南桥寺，搬迁后医院将分为南桥寺院部和道门口院部。总业务用房面积为11万平方米，设有1300张病床，共有30个临床科室和12个医技科室。医院拥有一个国家级中医药重点学科（皮肤科）以及6个国家级中医和中西医结合重点建设专科（包括皮肤科、神内科、针灸科、妇科、肾病科、肿瘤科）。

在科研方面，医院设有国家级中医药重点研究室（皮肤免疫研究室），9个市级医学和中医药重点学（专）科，2个卫生部诊断鉴定机构，3个市级中西医结合医疗中心，2个市级研究所和1个市级临床质控中心。医院同时也是重庆市中医药学会、重庆市中西医结合学会、重庆市针灸学会和重庆市中医药行业协会的挂靠单位。

医院还设有重庆市中医药文献信息中心，出版全国性刊物《中医急症杂志》。目前，医院有在职职工1145人，其中高级职称249人，7人为国务院特殊津贴专家，3人为重庆市学术技术带头人，30人为市级名中医，11名医学博士，81名硕士，16名国家和省级师带徒导师，23名硕士研究生导师。医院拥有大型数控放疗系统、核磁共振、螺旋CT、多功能数字X光机、全自动生化、彩超等医疗设备200余台，医疗设备总值达到1.5亿元。年门诊量达到68万人次，病人分布于全市40个区县、市外及日本、马来西亚、加拿大等世界各地。