北大药学院与北大医学院药学院并非同一机构。虽然两者名称相似，但实际上，北大药学院的正式名称应为北大医学院药学院。北京大学下设二级学院即北大医学部，而药学院作为医学部下属的一个院系级单位，其地位低于二级学院。因此，从严格意义上讲，北大药学院的正确名称应当是北大医学部药学院。

北京大学医学部成立于1986年，是北京大学下属的一个二级学院，它涵盖了多个医学相关学科，如基础医学、临床医学、药学等。而药学院作为医学部下属的一个院系，主要负责药学领域的教学与科研工作。它的设置和管理都隶属于医学部，而非直接隶属于北京大学。

这种设置有助于加强医学领域内不同学科之间的联系与合作，同时也便于资源的整合与优化。药学院作为医学部的一部分，能够更好地服务于医学教育与科研的整体目标。此外，这样的设置也使得药学院在人才培养、科学研究和社会服务方面能够更加专业化和高效化。

总之，尽管名称上容易混淆，但北大药学院实际上是北大医学部下的药学院，其正式名称为“北大医学部药学院”。这一设置体现了北京大学在医学教育与科研方面的战略布局，有助于培养高素质的医药人才，促进医学学科的发展。