海军大连舰艇学院拥有多个特色重点专业，其中防化兵指挥专业旨在培养具备化学防护和化学战防御知识的指挥人才。学院还开设了地图学与地理信息系统国家级精品课程，旨在提高学员的空间信息处理能力和地图制图技能。

舰炮战斗使用是军队院校优质课程之一，通过理论学习和实践操作，学员可以熟练掌握舰炮操作和战术运用。海洋定位学则专注于海上导航和定位技术，帮助学员掌握先进的海洋定位方法。

在国家重点学科方面，兵种战术学的研究成果显著，涉及战术理论和战术行动的深入探讨。交通信息工程及控制、作战指挥学和大地测量学与测量工程等全军重点学科，则分别在交通运输、军事指挥和地理测量领域取得了重要进展。

学院还承担了军队“2110”重点建设学科的任务，这些学科包括战术学、军队指挥学、军队政治工作学、交通运输工程和测绘科学与技术。在二级学科博士学位授权点方面，交通信息工程及控制和大地测量学与测量工程等方向受到特别关注。

战术学、军队指挥学（含运筹学方向）和军队政治工作学是学院的一级学科硕士学位授权点，涵盖了战术理论、指挥技能和政治工作等多个方面。二级学科硕士学位授权点则包括导航制导与控制、大地测量学与测量工程、地图制图学与地理信息工程、交通信息工程及控制、物理海洋学和军事法学等领域。

此外，学院还设有工程和军事两个专业学位授权点，前者主要针对电子与通信工程和测绘工程方向，后者则包括军事指挥和军队政治工作等方向。