1909年6月9日，美国诞生了一个新的学术机构——美国海军研究生学院，它最初作为美国海军学院的一个系而存在。然而，第一次世界大战期间，学院被迫暂停运作。

1919年，随着战争结束，学院恢复运营并更名为美国海军研究生院，尽管仍隶属于海军学院，但其地位有所提升。1945年至1948年间，美国国会通过决议，正式授予研究生院独立学院的地位，标志着其独立发展的开始。

在科技发展中，1954年，研究生院迎来了第一部计算机，这为学院的教学与研究带来了革命性的变化。1960年，"中心计算机设施"的建立进一步强化了学院在计算机科学领域的地位。1969年，研究生院改名为"W．R．丘奇计算机中心"，并设置了计算机实验室，为军事系统模拟和声信号处理技术的研发提供了实时计算支持。

然而，2000年，一篇质疑海军研究生院价值的文章在官方刊物上发表，引发了外界对学院教育模式的讨论。面对舆论压力，2001年，研究生院进行了深刻的改革，学生人数和办学经费均有所增长，学院的教学质量与军事价值得到了广泛认可。

2005年，在美国的基地重组与关闭行动中，研究生院凭借其独特的教学与军事相关性，获得了国防部军事教育机构中的最高评价。2007年，海军中将奥利弗以文职身份成为院长，这是该学院61年来首次由非军人领导。

然而，2012年，丹尼尔·奥利弗院长和莱纳德·法拉利教务长因违反军纪、财务问题及收礼违规被免职，这表明尽管有争议，海军研究生院仍需不断改进管理，以保持其学术声誉。