中国水科院（中国水利水电科学研究院）和中科院（中国科学院）都是中国的重要研究机构，拥有博士学位的研究人员具备较高的学术水平。然而，两个机构的社会认可度可能存在一定差异。

中科院是中国最高的科学研究机构之一，以自然科学研究为主，广受国内外学术界和社会的认可和推崇。因此，中科院所获得的博士学位在学术界和社会中具有较高的声誉和认可度。

中国水科院则是中国水利部直属研究院，其研究领域主要集中在水利水电工程和相关学科。中国水科院在水利水电领域具有深厚的研究底蕴和实践经验，其博士学位在水利工程和相关学科的领域内具有较高的社会认可度。

尽管两个机构在不同领域具有各自的研究特色和社会认可度，但是博士学位作为高级学位，对于个人的学术造诣和专业能力的认可具有重要意义。因此，无论是中国水科院博士还是中科院博士，在其所熟悉的领域内，学术造诣和专业能力都将得到认可。但需要注意的是，不同的机构在不同的学术领域和社会圈层中的知名度和认可度可能存在差异。