大学：

厦门共有6所公办本科高校，都有一定科研水平：厦大、华侨大学厦门校区、福州大学厦门工艺美术学院、集美大学、理工学院、医学院。

科研院所：

中科院系统的：城市环境研究所、海西研究院稀土材料所、计算所厦门研究院、苏州医工所厦门研究院、西安光机所厦门研究院

自然资源部的：第三海洋研究所（部直属）、水文地质环境地质研究所（归属中国地质调查局）

应急管理部的：中国地震局厦门海洋地震研究所

财政部的：厦门国家会计学院（部直属）

其他国家重点高校、大院大所的分支机构：清华海峡研究院、华西厦门研究院（在建）、南京理工大学厦门数字信息研究院、国防科大厦门研究院（军民融合协同创新研究院）、中船重工725所厦门研究院，等等。

省市级科研机构：福建海洋研究所、省水产研究所、省亚热带植物研究所、市医药研究所、市海洋与渔业研究所、市教科院、市质检院、市规划院、市建筑科学研究院、柔性电子研究院、半导体工研院，等等。