同济大学的体育教学部经历了一段多变的历史。在1957年至1966年，体育教学机构由校队、群体、一年级到二年级教研室，以及综合组和行政办公室组成。在特殊时期，即“文革”期间，更名为军体组，设有篮球、排球、足球等专项组、普体、女生组以及行政办公室。

1985年，同济大学正式成立了体育教学部，增设了针对各年级的教研室，如一年级、二年级至四年级教研室，群体教研室，竞赛教研室，以及行政办公室，进一步完善了体育教学体系。

1996年，随着上海城建学院和上海建材学院的合并，南校区和武东校区的教学组被增设。2000年，南校区和武东校区的教学组被调整，一年级教研室改名为武东校区体育教研室，并新增了运动生物力学实验室和沪西校区体育分部。

2003年，沪西校区体育分部被撤销，整合为沪西校区体育教研室。随后，二年级至四年级教研室合并为本部体育教研室。2005年，本部教研室被分为第一教研室、沪东教研室为第二教研室、沪西教研室为第三教研室。

2006年，运动生物力学实验室更名为运动与健康研究中心，显示出学校对健康科学的重视。2007年7月，同济大学游泳馆正式启用，为学生的体育活动提供了新的设施。

2008年初，第三教研室被撤销，其人员并入第一教研室和第二教研室，进一步优化了教学资源配置。这一系列的改革与调整，见证了同济大学体育教学部在适应时代发展和满足学生需求上的不断进步。