郑州大学好。

1、软科高校综合榜排名：郑州大学排46名，南京农业大学排51名。

2、院系专业丰富程度：郑州大学校本部现有55个院系，118个本科专业，学科专业涵盖12大门类；而南京农业大学有20个院系，71个本科专业，学科专业涵盖7大门类。

3、师资力量：郑州大学有专任教师（含专职科研）4500余人，其中两院院士、学部委员24人；而南京农业大学有教职员工2900余人，其中中国工程院院士3名，加拿大工程院院士1人。

4、综上所述，郑州大学更好。