福建医科大学在福建省乃至东南各省的医学教育领域中享有较高的声誉，其在医学学科方面的实力尤为突出。该大学培养的学生普遍受到各大医院的青睐，不仅技术过硬，而且在医学领域的政治活动中也十分活跃。此外，不少福建医科大学的毕业生选择到欧美日俄等医学水平较高的国家深造或工作。

相比之下，福建中医药大学的前身是福建中医学院，其办学规模、实力以及文化底蕴都不及福建医科大学。福建中医药大学虽然在中医药领域有一定的影响力，但在医学教育的整体水平上，与福建医科大学相比存在一定的差距。

因此，从医学教育的整体水平和毕业生的就业前景来看，福建医科大学显然更胜一筹。对于有志于从事医学领域的学生而言，选择福建医科大学无疑是一个更为明智的选择。

此外，福建医科大学的师资力量雄厚，教学设施先进，科研实力较强，为学生提供了良好的学习环境和发展平台。而福建中医药大学虽然在中医药教育方面具有一定特色，但在综合医学教育和研究方面相对较弱。

综合考虑，无论是从学科建设、教学质量还是毕业生的就业前景来看，福建医科大学都更具备优势，是追求卓越医学教育的学生的首选。