大连工业大学机械电子工程在庄河校区。

根据大连工业大学官方网站的介绍，机械电子工程专业是该校工程学院的一个专业，而工程学院的庄河校区是该校的东校区，位于庄河市北三道沟路。因此，可以确定大连工业大学机械电子工程在庄河校区。