清朝的首都1644年以前在盛京，之后在北京。

东北为清朝龙兴之地，入关后，以驻防八旗留守盛京沈阳，并严禁内地汉人出关耕种。康熙至乾隆年间，逐渐形成三个相当于行省的将军辖区：盛京、吉林、黑龙江。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。

1644年五月初三，多尔衮进入北京后，谕“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官与满官一体办事”。这样，清廷定鼎燕京伊始，便全部承袭了明内阁等中央机构，原明官员也留任，与满官一体办事，中央政权机构迅速运转起来。

北京城的结构

北京城分内城和外城。内城共九门：正南为正阳门，其东为崇文门，其西为宣武门；北之东为安定门，北之西为德胜门；东之北为东直门，东之南为朝阳门；西之北为西直门，西之南为阜成门。外城有七门：正南为永定门，其东为左安门，其西为右安门；东有广渠门，西有广安门（原为广宁门，道光时因避□宁讳改），其东西两隅分别为东、西便门。　

皇城在内城中，共六门：正南为大清门（明为大明门，顺治元年改），大清门内为天安门（明为承天门，顺治八年改），天安门内为端门。端门东西各有阙左门和阙右门。