南京晓庄学院拥有三个校区的原因主要是由于学院的规模扩大导致现有空间不足。随着学生人数和课程需求的增加，原有的校园设施已经无法满足教学和生活的需求，因此不得不在不同的区域设立新的校区。

目前，南京晓庄学院的三个校区分别是方山校区、莫愁校区和晓庄校区。其中，方山校区位于南京市江宁区弘景大道3601号，占地面积广阔，环境优美，是学生进行专业学习的主要场所之一。莫愁校区则坐落于南京市建邺区北圩路41号，这里交通便利，便于学生参与城市中的各种实践活动。而晓庄校区则相对较小，位于南京市江宁区知行路文鼎广场附近，主要承担着学院的一些特殊课程和实验活动。

这三个校区各自承担着不同的教学和生活功能，共同构成了南京晓庄学院完整的教育体系。通过合理规划和资源配置，这三个校区不仅为学生提供了更加丰富多样的学习环境，还促进了学院整体的发展。