两所大学都是曾经著名的“四大工学院”之一，目前来说总体实力华中科技大学比东南大学更强（主要体现在学科广度上，东南大学厉害的专业很厉害，但是华中科技大学厉害的专业更多，擅长的学科也更广），以2012年教育部官方学科评估成绩来讲，两校排名全国前十的学科如下：

东南大学：

学科 名次

交通运输工程1

生物医学工程1

艺术学理论 1

电子科学与技术2

建筑学 2

风景园林 2

土木工程 3

城乡规划 3

信息与通信工程 4

仪器科学与技术 5

动力工程与工程热物理6

公共卫生与预防医学 7

华中科技大学：

可能但看两校前十名的学科会觉得两校差不多，东南大学甚至更占优势，但是在10到20名的学科中，东南大学几乎没有啦，而华科记忆中至少有十几个学科，差距一下子就拉开啦。