学院现设有“管理科学与管理工程”一级学科硕士点，“工业工程”在机械工程学科下招收工业工程工程硕士。现有“工业工程”、“信息管理与信息系统”和“物流工程”三个本科专业，为国家培养了大批工程管理中高级管理人才。即将开设“工程造价”专业，于2013年正式招生。

学院下设 “工业工程系”、“物流工程系”和“信息管理与信息系统系”等教学机构，设有安徽工业大学工业工程研究所、安徽工业大学物流工程研究所、信息管理研究所，并设有两个研究中心（ERP实验中心、管工人文与创新教育中心），二个实验室（生产系统实验室、人因工程实验室）。 管理科学与工程学院秉承“明德厚学，沉毅笃行”的办学院训，“奋发进取，忠诚精实”的办学精神，坚持“立足安徽，面向经济”的办学方向；培养“素质综合，能干实干”的高级专业人才。

学院重视加强学科建设责任制，明确院党政领导，学科、学术带头人、骨干教师和系、研究所、中心负责人在学科建设中的目标、任务、权限和责任，大力加强硕士点建设和研究生教育工作，把研究生培养工作作为学科建设的重要手段之一。

管理科学与工程学院结合我国国情，紧密结合和依托安徽工业大学的工科学科优势和工程专业学科优势，明确学院的战略定位，确定学院的发展目标，科学规划，突出教学，深化实践环节，在探索培养社会急需的德智体全面发展的高级工程技术应用人才方面取得了一定的成绩。