黔南医专设有七个系部，涵盖17个专业和方向。

临床医学系下设临床医学和临床医学（全科方向）专业。

药学系包括药学、中药、中药制药技术和药品经营与管理专业。

医学检验系开设医学检验技术、卫生检验和检疫技术专业。

医学影像系提供医学影像技术和口腔医学技术。

护理系包含护理和助产专业。

此外，还有计算机信息管理和卫生管理专业。

基础医学部是学校教育的重要组成部分。