在福州的这两所学院中，显然金山学院更具优势。尽管它们都挂有农大的牌子，金山学院能够直接利用校本部的资源和环境，这对于学生的学习和生活无疑是非常有利的。此外，金山学院的地理位置也较为便利，交通条件不错。

相比之下，东方学院则位于一个小岛上，从那里到市区需要先乘船再换乘公交车。这样的交通方式不仅增加了出行的复杂性，而且来回一趟的车程时间较长，通常在四五个小时左右，这无疑会给学生的日常出行带来不便。

金山学院的优势不仅体现在交通便利性上，还在于它能够更好地利用本部的资源。这种资源共享不仅有助于提升教学质量和科研水平，同时也为学生提供了更多实践和交流的机会。而东方学院由于地理位置的原因，可能在这些方面会受到一定限制。

总体来看，金山学院在资源共享、交通便利等方面都优于东方学院，因此，在这两所学院之间选择时，金山学院无疑是更好的选择。