哈工大强基硕士专业设置为数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、核工程与核技术、工程力学等，本科生阶段，学生不能申请转专业。

然而，当进入研究生阶段，学生有机会跨专业学习，比如数学专业的本科毕业生，可以选择工程力学作为研究生专业。哈工大强基计划提供本硕博连读与本硕连读的培养模式。虽然在本科生阶段，强基计划提供了转专业可能性，但一旦学生进入研究生阶段，转专业的选项则被取消。