日本一本、二本、三本并没有明确的官方定义或统一的分类标准，这些术语主要是根据学校的综合实力、学术声誉、教学质量等因素进行的大致划分。

一本通常指的是综合实力较强、学术声誉较高、教学质量较好的大学，这些大学通常拥有较多的研究资金和优秀的师资力量，能够提供更高水平的教育和研究机会。一本大学往往也是许多学生梦寐以求的目标，因为它们的学历和学位在国内和国际上都具有较高的认可度。

二本则相对于一本来说，综合实力和学术声誉略逊一筹，但仍然是比较不错的大学。二本大学的教学质量和教学条件也相对较好，能够提供较为全面的教育和培养。虽然二本大学的学历和学位认可度不如一本大学高，但在就业和升学方面仍然具有一定的竞争力。

三本则是指综合实力较弱、学术声誉较低、教学质量相对较差的大学。这些大学可能在教学资源、师资力量等方面存在一定的不足，因此它们的学历和学位认可度也相对较低。然而，这并不意味着三本大学就没有优点或价值，它们在某些专业或领域也可能具有一定的特色和优势。

需要注意的是，这些术语并不是官方或法定的分类标准，不同的机构或个人可能会有不同的看法和划分方式。此外，随着教育的发展和变化，这些分类也可能随之调整或变化。因此，在选择大学时，学生应该根据自己的兴趣、能力和目标进行综合考虑，而不仅仅是基于这些分类来进行选择。

另外，关于“免费”的区别，日本的大学教育并非全部免费。大多数日本的国立大学对于本国学生来说是相对低学费的，而私立大学的学费则相对较高。此外，一些优秀的学生可能会获得奖学金或助学金来减轻学费负担。因此，“免费”的区别并不是一本、二本、三本之间的主要区别，而是与学校的性质和学生的个人情况有关。

总的来说，日本的一本、二本、三本大学并没有明确的定义和区别，这些术语主要是根据学校的综合实力、学术声誉、教学质量等因素进行的大致划分。在选择大学时，学生应该根据自己的兴趣、能力和目标进行综合考虑，而不仅仅是基于这些分类来进行选择。同时，大学的学费并不是一本、二本、三本之间的主要区别，而是与学校的性质和学生的个人情况有关。