菏泽卫校和菏泽卫生学校在学科设置、培养目标、教学规模、教学质量等方面均存在差异。菏泽卫生学校（现为菏泽市卫生健康学校）成立于1978年，是一所面向社会的职业技能培训机构，主要培训护理、医疗、中药、口腔等专业学生和医护人员，而菏泽卫生职业学院（菏泽卫校）成立于1951年，也是一所职业技术学院，主要培训护理、临床医学、中药学等方向的专业人才，是一所具备颁发大专学历证书的高等职业院校。菏泽卫生职业学院（又称菏泽卫校）成立于1951年，是山东省教育厅直属的全日制高等职业院校，也是国家“中西部高校基础能力建设工程”院校和河南省“卓越工程师教育培养计划”联盟成员高校。