南通理工学院是一所提供多样化专业课程的高等学府，旨在培养具备专业知识与技能的学生。其开设的专业包括机械设计制造及其自动化、汽车服务工程、土木工程、物流管理、软件工程、工程管理、财务管理、新能源科学与工程、船舶与海洋工程、机械电子工程、车辆工程、环境设计、电子商务、数字媒体技术以及电气工程及其自动化等。

机械设计制造及其自动化专业，注重培养学生在机械设计与制造领域的知识和技能，通过理论学习与实践操作相结合的方式，使学生能够胜任机械制造相关的工作。汽车服务工程专业则专注于汽车维修、保养、销售及售后服务等方面的专业知识与技术。

土木工程专业，主要培养具备工程结构设计、施工管理及城市规划等方面的专业人才。物流管理专业则旨在培养具有物流系统规划与设计、供应链管理能力的复合型人才。软件工程专业的学生将学习软件开发、系统分析与设计等相关知识。

工程管理专业注重培养学生在工程项目管理、成本控制、质量管理等方面的专业能力。财务管理专业则注重培养学生的财务分析、投资决策及资金运作能力。新能源科学与工程专业则专注于可再生能源与清洁能源技术的研究与应用。

船舶与海洋工程专业，主要培养具备船舶设计、建造及海洋工程相关知识与技能的专业人才。机械电子工程专业则注重培养学生在机械与电子技术结合领域的知识与技能。车辆工程专业则专注于汽车设计、制造及维修方面的知识。

环境设计专业，主要培养具备环境规划、景观设计及室内设计等方面的专业人才。电子商务专业则旨在培养具备电子商务平台运营、网络营销及客户关系管理能力的复合型人才。数字媒体技术专业则注重培养学生在数字媒体内容创作与传播方面的知识与技能。

电气工程及其自动化专业，注重培养学生在电气设备设计、电力系统运行及自动化控制领域的知识与技能。这些专业的设置不仅满足了当前社会对各类专业人才的需求，也为学生提供了广阔的职业发展道路。