深圳市蛇口地方税务局作为深圳市地方税务局体系中的一个关键征管机构，其主要职能集中在南山区特定区域，该区域以滨海大道与桂庙路的交汇点为东界，前海湾为西界以南。其主要职责是进行税务登记、征收管理和税务检查，涉及的税种和费用包括营业税、企业所得税、个人所得税、房产税、车船税、印花税、土地增值税、契税、耕地占用税、城镇土地使用税、城市维护建设税、教育费附加以及市政府指定的其他相关费用。

该税务局内部结构严谨，设有15个科室以支持其高效运作。这些科室分工明确，包括办公室，负责日常行政管理；人事监察科，关注人员管理和监察；征管科，负责具体的税收征管工作；计划财务科，负责预算和财务管理；发票管理科，确保发票的合规使用；综合服务科，提供全方位的服务支持；征收科，直接处理税款征收；信息管理科，利用现代技术进行数据管理；管理一至七科，分别承担不同类型的税收管理任务。