南陵县档案局内部设有多个专门的职能科室，以确保档案管理工作的高效进行。业务指导科担当重任，他们指导全县各企事业单位和乡镇村建立和完善档案体系，推动综合档案室达标，并参与档案目标管理的认定工作。此外，他们还负责全县档案人员的专业技能培训，以及档案信息化和标准化工程的建设工作。

管理编研科作为办公室的核心部门，主要负责日常运营。他们负责接待调档人员，处理调阅、登记、统计和复印等工作，确保档案资料管理的有序进行。此外，他们负责档案资料的保管、整理、目录编制，以及档案库房的日常管理和安全保卫。此外，他们还负责档案资料的征集、接收和开放审查，同时进行现代化管理，持续进行档案资料的续编工作，完成年度编研课题，并负责全县的档案统计报表任务。

执法监督科则扮演着监督者的角色，他们监督全县范围内档案法律、法规的执行情况，对违反规定的档案工作行为进行查处，并开展档案法律、法规的宣传教育活动，维护档案工作的合规性和权威性。