办学主体方面：自考的办学主体是主考院校和省自考办联合办学。考试共分为三个层次：高起专、高起本、自考专升本。函授则是成人高考的办学主体是各个大学的成教学院。

学习形式方面：函授与自考多数都是自学，但也有一定的差异。函授是成人高考的一种学习方式，需要通过成人高考被录取后才可以，而自考是通过自学学习大学课程，无需参加入学考试。

学习年限方面：自考本科能在一年半左右结业发学历证书，函授本科是最少要两年半才能毕业，函授本科相对来讲时间要长一点。

含金量方面：众所周知自学考试是所有继续教育形式中含金量最高的，因此函授和自考的含金量也不用多说，自考的含金量肯定是高于函授的。而且自考的含金量是仅次于统招的。