专接本在校生如果参军入伍，其学历仅被认定为大学专科，即获得大专文凭。这是因为根据国家教育法规、学籍学历学位等相关规定，只有完成国家教育部门要求的课程学时并通过统一考试，成绩合格并取得毕业证书，才能被授予相应的学历。如果在专升本阶段参军但未能完成本科学业，就不能被认定为大学本科学历。

具体来说，专接本在校生在完成规定的课程学时并通过考试后，可以获得大专学历证书。如果在此期间选择参军，由于未能完成本科学业，其学历将不会被认定为本科学历。这一规定旨在确保教育质量和学术标准的一致性，保障学生权益。

此外，国家对教育学历的认定有明确的规定和流程。只有当学生完成所有必要的课程和考试，并获得相应的毕业证书后，才能被正式认定为某一层次的学历。因此，对于专接本在校生而言，即使参军期间完成了军队的训练和服役，其学历仍然只能被认定为大专学历。

需要注意的是，尽管参军期间学生未能完成本科学业，但这段时间的经历和技能积累对于个人的职业发展仍然具有重要的价值。许多退伍军人在退役后通过其他途径继续提升自己的学历或职业技能，从而实现更好的职业规划和发展。