绩效考核系数的设定涉及纵向和横向两方面。纵向设定时，负责人A对其部门及全员绩效负责，其岗位工资发放系数应包含部门考核系数和个人考核系数。如果部门下设班组，B员工的绩效工资发放系数应为B个人考核系数、班考核系数、组考核系数和部门考核系数的累乘，但这种方法可能对B员工士气造成负面影响。建议采用权重相加法，或直接依据员工绩效程度确定班一级系数。

横向设定时，具体到员工C的关键指标，如C1、C2、C3，其绩效分数为各项指标分值乘以相应考核系数和部门系数。HR经理可能认为C的绩效分数应为各项指标分值乘以相应考核系数再乘以部门系数，但这种方法可能导致员工忽视小任务，而累乘法能激励员工全面提高工作水平。

累乘法适用于员工工作相关性强的情况，确保各项工作努力都有反映。而当工作间相关性较弱时，权重相加法更合适，因为它能反映工作的多样性，不会因个别任务失败影响整体绩效。

部门考核系数与个人挂钩的方式也需注意。实际成绩是最直接的方式，但可能导致部门间协调问题。与其他部门业绩挂钩能促进竞争，但考核系数波动大时需引入领导调节系数，以反映市场情况和竞争环境。

总额控制法适用于难以量化个人绩效的部门，如后厨部。公司通过控制奖金总额，由部门自行分配，不干涉具体分配方案，以确保人力成本控制。

综上所述，绩效考核系数设定需考虑多个因素，包括工作相关性、员工士气、部门间协调及市场环境等，以确保激励机制的有效性。