小规模纳税人进行差额征税会计处理，需遵循以下步骤。接受应税服务时，企业允许扣减销售额，从而降低应缴纳的增值税，应借记“应交税费——应交增值税”科目，以抵扣这部分增值税。

实际支付或应付金额与扣减后的增值税额之间的差额，则应借记“主营业务成本”等相关科目，而实际支付或应付金额则贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。此操作确保企业准确反映财务状况，合理分配成本。

对于期末一次性账务处理的企业，需在期末进行调整。允许扣减销售额而减少的应交增值税，应在当期借记“应交税费——应交增值税”科目，同时贷记“主营业务成本”等科目。这一步骤有助于企业更准确地计算期末税负，保持财务报表的完整性。

综上所述，小规模纳税人进行差额征税会计处理需关注实际支付与应纳税额的差异，适时调整相关财务科目，确保会计信息的准确性和合规性。这些操作旨在帮助企业更好地理解税收政策，优化财务管理，提升财务报告的透明度与准确性。