“我们A物流公司代客户支付1000元的运费”（可以确定收入1000，代客户支付的1000可以理解为客户欠“我们A物流公司”1000元）：

借：应收账款——代付运费（XX客户） 1000

贷：主营业务收入 1000

“B物流公司把货运到我们公司，我们收取了300元的运费”：

这个不做分录

“再外支付700元给B公司”：

借：主营业务支出 700

贷：现金/银行 700

“当客户来提货时我们再收取运输费和提货费”（注：这时客户支付1000元）

借：现金/银行 1000

贷：应收账款——代付运费（XX客户） 1000

最后可以看出“我们A物流公司”这笔业务毛利300正好呼应“我们收取了300元的运费"

其实很简单的问题~~！