这3个句子都没有错。。。意思大体相同，就是语气不同。

总的意思，都指：昨天天气不好。

昨日はいい天気ではありませんでした。 昨天不是个好天气。

昨日は天気が良くなかったです。 昨天“天气”是不好。 （强调天气）

昨日の天気は良くなかったです 昨天的天气是不好。

再来几句： 昨日　よくなかった天気です

　　　　　昨日　よくない天気でした

　　　　　よく　なかった天気は　昨日でした（です）

是否有错，我认为没错。