专用发票开票金额比实际付款金额多时，应该按照发票金额先进行账务处理，登记借方费用科目和应交税费科目，贷方其他应付款科目。

然后，按照实际付款金额处理账目，借 其他应付款，贷 库存现金或银行存款。其他应付款科目的余额也应及时付给对方单位，这是社会公德和业务人员的职责所在。

发票上的金额合计是应收账款，大于实际结算的金额要考虑对应情况，比如给了现金折扣，那么差额计入财务费用。应该订立补充合同，解决结算金额与合同金额不一致的问题。

开具发票应该按照结算价开具，不然付款方无法按照结算价支付。