遇到发票开错且客户已经认证的情况确实棘手。如果客户公司已经用这张发票进行认证并抵扣了税款，需要按照以下步骤处理：

首先，客户公司需要在开票机上打印一份红字发票申请单，并复印发票联和抵扣联，前往当地税务局申请。如果所在地区的开票系统与税务服务器直接连接，客户可以直接通过开票机申请红字发票申请单。

收到开具红字发票通知单后，你们公司需要在开票机上开具一张红字发票，发票金额和税款应为负数。记账联由你们公司自行留存用于记账，发票联和抵扣联则需交给客户公司财务，以便他们进行进项税转出。

处理过程中，务必确保所有文件完整无误，及时与客户及税务机关沟通，以避免产生不必要的麻烦。

在处理此类问题时，建议咨询专业的税务顾问或会计师，确保操作符合当地税务法规要求。

总之，一旦出现发票错误，及时与相关方沟通并采取正确措施至关重要，以避免潜在的税务风险。