通常情况下，经过认证的本科学历会被视为国家承认的学历，不会因为缺乏大专学历而被视为无效。这是因为高等教育体系中，本科教育是独立的教育阶段，与大专教育并行不悖。认证过程确保了学历的真实性和有效性。

但值得注意的是，有些特定情况可能会有所不同。例如，在成人教育体系中，第二学位的存在确实可能导致一些复杂情况。特别是在2006年之前，一些人可能侥幸直接报考了专升本，而没有完成大专阶段的学习。这种情况下，虽然本科证书依然有效，但由于缺乏大专学历，可能会在某些特定场合受到影响，如某些职业资格认证、公务员考试等。

因此，在申请某些专业领域的工作或进一步深造时，建议详细了解相关要求。即使本科学历是经过认证的，某些组织或机构可能会要求完整的教育背景，包括大专学历。这也提醒我们在选择教育路径时，应全面考虑未来的需要，确保自己的教育背景能够满足未来的各种需求。

此外，对于那些希望提升自身学历或职业技能的人来说，了解不同教育阶段之间的关系尤为重要。这不仅有助于规划个人职业发展路径，还能在面对复杂多变的社会环境时，更好地适应各种挑战。

总之，经过认证的本科学历在大多数情况下是有效的，但在特定情境下，如某些职业资格认证或特殊考试中，可能需要具备完整的教育背景。因此，在追求更高学历或职业发展时，应充分了解相关要求，制定合理的学习计划。