企业在进行三证合一后，若遇到使用旧税号开具的发票，可能会面临无法正常抵扣的问题。这是因为三证合一后，纳税人的识别号会发生变化，这可能导致认证时出现发票税务登记号码不符的情况，从而无法进行抵扣。

根据税法规定，收到税票的期限为180天，超过这个期限不进行认证则不能抵扣。然而，如果在180天内收到的税票是由变更税号的单位开具的，认证时也可能会因为税务登记号码不符而无法抵扣。在这种情况下，必须将发票退回原单位，由其重新开具。

国税系统已经进行了升级，确保只有在认证通过的情况下才能进行抵扣。这是因为三证合一前，公司的税号为15位，而三证合一后，税号变更为18位，这与认证规定的要求不符，因此需要重新开具发票。

因此，企业在进行税号变更前开具的发票，在变更税号后，若要抵扣，必须重新开具。同时，建议企业及时关注税号变更的相关政策，以避免因税号变更导致的税务问题。