向你叔叔问清楚具体寄到哪个部门单位，然后去找他们接洽，留下互相的联络方式，如果他们收到了邮件，就方便与你联系，如果你还没有护照，就先把护照办好，以便签证。也许你叔叔已经把你的联络方式给了外事办，只是邮件还没到，再等两天没关系的。

领事馆是受理个人签证的，只不过需要一个他们认可的外事服务机构代为递交。

具体流程：拿着再留资格证书，护照，身份证，在职证明公证书，户口本，与日本单位签定的用人合同书，一些费用，直接到外事服务机构办理。他们会让你填一些相关的表格，然后回去等待日方核实，会同时打电话给你和你所在的单位进行核实（这个很重要），如果通过核实，就会给你签证了。

你的有些材料你叔叔已经帮你寄到外事办了，那就等收到材料后直接问外事办具体怎么办吧。