自考本科的长线和短线在多个方面存在显著差异。考试时间方面，长线自考由省考办在每年的4月和10月安排两次考试，考生可以灵活选择考试时间，无合格时间限制，但需注意本科学位申请时可能有特殊要求。短线自考则在每学期期末进行考试，不及格者可参加补考，灵活性较低。

学习形式方面，长线自考主要依靠考生自学，然后参加考试，这种自主学习的方式要求考生具备较强的自学能力和自律性。而短线自考则有专门的教师对学生进行辅导，帮助学生掌握知识和应试技巧，这种方式更注重教师的引导和指导。

学籍管理方面，长线自考考生只需在县区自考办报名即可取得考籍，手续相对简单。短线考生则需在报考院校报名，学籍档案在省教委备案，流程更为复杂，且可能需要提交更多资料。

考试及命题方式方面，长线自考由全国考委和省自考委联合出题制卷，考试难度大，通过率相对较低。短线自考则分为统考课程和校考课程两类，统考课程由自考委组织命题和考试，校考课程则由学校自行命题考试，考试难度和通过率通常较高。

收费项目和标准方面，长线自考的报考费用全省统一，收费标准明确，操作简单。短线自考则根据主办院校的专业设置及开办情况按相关标准收费，由于需要占用学校教学资源，费用一般高于长线自考。

考试难度方面，长线自考的考卷由国家出题，考试难度较大，通过率相对较低。而短线自考的考卷则由学校自行命题，考试难度较低，通过率较高。

报名地点方面，全日制自考在各举办高校报名，由各举办高校到省教育考试院进行国家教育部统一电子注册。长线自考则在各地市（县）自考办报名，流程更为简便，但选择范围可能较窄。

综上所述，长线自考和短线自考在考试时间、学习形式、学籍管理、考试及命题方式、收费项目和标准、考试难度以及报名地点等方面存在明显差异，考生应根据自身情况选择适合自己的考试形式。