东南大学只拥有一个主要校区。该校区设有微电子学院（集成电路学院）、数字设计与智能制造学院、海洋信息与工程学院等。

东南大学无锡校区成立于1988年4月，是国家教委首批重点大学分校之一，与无锡市合作共建，成为高层次人才培养和科技创新的基地。该校区位于无锡高新区国家传感网大学科技园，占地200亩。2009年，集成电路国家人才培养基地引入无锡，推动无锡分校研究生规模化培养。目前，研究生教育与本科生教育并重，逐步转向以研究生教育为主。东南大学与无锡市政府签订了共建协议，截止2022年底，双方总投资30.5亿元。东南大学在无锡校区设有微电子学院（集成电路学院）、数字设计与智能制造学院、海洋信息与工程学院等，未来技术学院也将在此设立。目标是构建从本科到研究生的完整人才培养体系，实现科产教融合、产学研合作，提升“东大+”协同的高质量校区。