公司在进行回购本公司股票的操作时，会计处理为借记“库存股”科目，登记实际支付的金额。这一操作反映了公司已购回但尚未注销的本公司股票价值。

当公司决定注销库存股时，会计处理则为借记“股本”科目，记录注销股票的面值总额。如果注销库存股的账面余额超过了公司的股本溢价，那么超出部分需要进一步处理。具体来说，如果股本溢价不足以覆盖注销库存股的账面余额，那么盈余公积科目将被借记，用于补充股本溢价的不足。如果盈余公积仍不足以覆盖注销库存股的账面余额，那么剩余部分将从“利润分配——未分配利润”科目中扣除。

在完成注销库存股的账务处理后，借方登记的“库存股”科目余额将与贷方登记的“库存股”科目余额相抵消，最终反映在会计报表中。这一过程确保了公司的资本结构和财务报表的准确性。

库存股的注销处理不仅影响公司的资产负债表，还可能对公司的利润表产生影响。注销库存股会减少公司的股本总额，同时可能影响未分配利润。因此，公司在决定注销库存股时，需要综合考虑各种因素，确保这一操作符合公司的长期战略和股东利益。

需要注意的是，库存股的注销操作可能会对公司股价产生影响。如果公司在市场中大量回购并注销库存股，可能会提高每股收益，进而可能引起股价上涨。反之，如果公司频繁进行回购和注销库存股的操作，可能会让投资者对公司未来的财务状况产生担忧，从而影响股价。

此外，不同国家和地区的会计准则可能会对库存股的注销操作有不同的规定。因此，公司在进行这一操作时，需要遵守当地的相关法律法规，确保操作的合规性。

总之，库存股的注销是一项复杂的财务操作，涉及到多个会计科目和法律条款。公司需要在决策过程中充分考虑各种因素，以确保操作的合理性和合规性。