南通市高中户口迁到同市不同县,高考报名在户籍所在地。根据高考升学网资料查询可知，高考报名通常是在户籍所在地的招生考试部门进行，具体的报名时间、地点和要求可以咨询当地的教育招生考试机构或学校。所以南通市高中户口迁到同市不同县,高考报名在户籍所在地。