水利工程二次搬运费是按照搬运距离计算、按照搬运量计算、按照工程总费用的百分比计算。

1、按照搬运距离计算：按照搬运物料的距离进行计算，以每吨每千米的搬运费用为计算标准。这种方式适用于搬运距离远的情况。

2、按照搬运量计算：按照搬运物料的数量进行计算，以每吨的搬运费用为计算标准。这种方式适用于搬运量大的情况。

3、按照工程总费用的百分比计算：按照工程总费用的一定比例收取搬运费用，在2%到5%之间。这种方式适用于工程总费用大的情况。