投考者的考试程序，分初试、复试两级。先在各省进行初试，初试及格后到南京本校复试。考试的科目为党义、国文、外语、中外历史地理数理化。

养成教育的修业期限，起初各期长短不一，自第八期开始制度化，学制定为三年：第一年为入伍生教育，入伍教育期满后，经考试合格并根据志愿和考试成绩分别升入步、炮、骑、工、辎重等各兵种学生队，实行为期两年的正式学生教育，也即军官候补生教育；期满之后分配到各部队任见习官半年，随后即可以少尉军官补用。

除正期学生的养成教育外，南京中央军校还兼办中级以上军官的补习教育和应特殊需要而进行的召集教育。此类教育基本上均属军官短期训练班性质，受训者大多系在职或失业军官，其也称学员教育。养成教育、补习教育和召集教育的分类兴办，使南京中央军校的规模和影响超过了同一时期的任何一所军事学校，从而成为南京国民政府的军事教育重心。