1、确认抵扣资格：抵扣增值税发票的前提是企业具有抵扣资格，即企业是一般纳税人，并已完成税务登记和备案手续。

2、计算抵扣金额：企业可以根据购买商品或接受服务的增值税发票，计算可抵扣的增值税额。3%增值税发票的抵扣金额等于开票金额乘以3%。例如，一张3%增值税发票开票金额为100元，则可抵扣的增值税额为100元×3%=3元。

3、累计抵扣：企业可以将所有符合条件的增值税发票的抵扣金额累加，得出当期可抵扣的增值税额。

4、抵扣税款：企业可以将当期可抵扣的增值税额，减去当期应纳增值税额，计算出当期应缴纳的增值税额。如果当期可抵扣的增值税额大于当期应纳增值税额，企业可以将多余部分留作下期抵扣，或者申请退税。