通州区工商局设有多个科室，各司其职，确保了各项工作的有序进行。

办公室主要负责机关的日常协调工作，包括文秘、政务信息、建议提案、信访、机要保密、新闻宣传、调研等，同时管理全系统的装备和固定资产，以及协调信息化、档案管理和统计工作。主任是司军。

财务科专司财务经费管理，包括预算、核算、收费管理、票据管理和内部审计监督，指导所属事业单位和系统的会计基础工作。科长是孙昱。

监察室负责行政效能监察，处理人民群众的来信来访，监督法律法规执行情况，受理违规行为的检举和调查处理。主任是张危微。

人事教育科承担干部考核、任免、奖惩等工作，管理人事计划、人员调配，负责机构编制、教育培训和老干部服务等工作。科长是陆辉。

法制科负责行政处罚案件的审核、听证、行政复议和诉讼应诉，组织法律宣传和法制监督，实施执法责任制。科长是顾坚。

登记注册科负责企业、个体工商户等证照的审定、颁发。科长是曹红梅。

监督管理科负责内资企业的年检和商标管理，查处违法行为，指导个体私营经济工作。科长是刘笑峰。

外商投资企业登记管理科则专管外资企业的证照审批和年检监督。科长是张胜利。

公平交易监督科负责查处市场交易中的不正当竞争等违法违章行为。科长是季汉。

市场合同监督管理科负责规范市场秩序，管理各类市场，参与市场规划，监管网上交易和经纪人活动。科长是徐伟。

最后，消费者权益保护科负责商品质量和食品安全监管，处理消费者投诉，指导消费者协会工作。科长是曹鉴。