关于预测蛋白质结构的软件或网站，当前并无一个通用解决方案。预测蛋白质三维结构的主要技术大致分为两大类：Template-free Modeling与Template Modeling。前者如Rosetta@home、Foldit与The Folding @ Home，这些工具或平台基于分布式计算，旨在预测蛋白结构，其中Rosetta@home尤为强大，由华盛顿大学贝克实验室开发，是基于伯克利开放式网络计算平台的分布式计算项目。Foldit则是一个结合众包与分布式计算的蛋白质折叠电子游戏，用户通过解谜来生成实际的蛋白质模型。The Folding @ Home项目则专注于疾病研究的分布式计算，目标为模拟蛋白质折叠与计算药物设计等分子动力学。

而对于Template Modeling，常用工具包括Swiss-Model与Modeller。Swiss-Model是一个操作简便、可视化程度高的结构模拟网站，通过同源片段模拟蛋白质三维结构。Modeller则专注于蛋白三级结构的同源建模或结构比对，用户需提供与已知相关结构的序列比对，程序自动计算包含所有非氢原子的模型。

综上所述，蛋白质结构预测软件及网站虽多，但实现精确预测的目标仍未达成。选择合适的工具需根据具体需求和资源状况来决定。