垦利县国家税务局设有多个关键部门，负责不同领域的税务管理和公共服务。以下是各部门的主要职能：

1. 办公室: 制定年度工作计划，处理文电事务，负责档案管理和政务公开，负责税收宣传，管理机关财务，并协调网站建设和业务管理。

2. 政策法规科: 负责依法行政和税收政策的实施，审核文件合法性，处理多税种综合性政策，负责重大案件审理和税务行政审批，以及进出口贸易税收管理。

3. 税政科: 主管增值税、消费税等税种的征收，解释业务问题，进行纳税评估和税源管理，指导日常管理和法律救济工作。

4. 收入核算科: 编制税收计划，监督税款缴退，进行税收分析预测和重点税源监控，负责税收会计核算和数据管理。

5. 纳税服务科（办税服务厅）: 组织和指导纳税服务，处理各类涉税事项，包括税务登记、纳税申报等，同时负责车辆购置税的日常管理工作。

6. 征收管理科: 实施税收征管法规，负责税务登记、纳税申报和发票管理，推进专业化征收管理和纳税评估。

7. 人事教育科: 负责人事管理、教育培训、离退休干部事务以及思想政治工作。

8. 监察室: 落实纪检监察工作，受理违规案件的举报和查处。

9. 税源管理一、二科: 监控税源，对纳税人进行分类管理，负责税收调查、预测、宣传和服务，以及纳税评估和违规处理。

此外，还有机关党委办公室负责党建、工会、共青团和妇女工作，以及政治学习和文体活动的组织。