办公室：负责局领导小组的日常工作和局机关政务协调，确保上传下达和检查督办工作的顺利进行。

人事科：管理局机关和局属单位的人事、党务、思想政治、劳动工资、机构编制等事务。

发展计划与财务科：负责农业建设项目的拟定、组织和管理工作，指导农业小三场的管理，并监管局机关及局属单位的财务和国有资产。

科教科：制定全市农业科技、教育发展规划和对策，实施科技兴农战略。

调研科：研究全市农业与农村经济发展战略及相关政策，为市委、市政府农村工作提供建议并督促落实。

法规科：起草农业规范性文件，宣传教育和监督检查，负责农业行政案件的诉讼和农业行政复议工作。

市场与经济信息科（对外合作科）：提出农产品和农资市场体系建设，促进农产品流通，发布农村经济信息，推进农业信息化，并处理涉外事务及农业对外经济技术交流与合作。

农产品质量安全管理办公室：推进农产品质量安全建设，提高农产品品质和质量安全。

种植业科：研究种植业发展规划和重大技术措施，引导种植业结构和布局的调整。

经济作物科（荆州市疏菜办公室）：指导全市经济作物生产，拟定经济作物生产规划和生产技术措施。

农业产业化科（荆州市农业产业化办公室）：制定农业产业化发展的重大措施，推进农业、农村经济产业化。

农村能盯态源办公室：研究农村能源建设的发展计划和中长期规划，指导农村能源产业和服务体系建设。

农业机械监督管理科：实施农业机械安全监理工作，拟定农机作业规范、技术标准和农机安全生产政策、法规、安全技术检验标准，并监督实施。

农业机械产业发展科：研究农机化发展规划，引导农机机械产品结构调整，负责农机化基本建设项目的申报并实施管理。

农业机械科教质量科：研究农业机械化重大技术措施建设和发展规划，组织农业机械化重点科研项目论证、申报和重大技术的协作攻关。

监察室：检查局机关和局属行政执法单位执行国家法律、法规、政策和决定的情况，管理对违纪行为的控告、检举、调查处理及申诉工作等。

离退休干部工作科：执行党和国家关于老干部工作的方针政策，落实离退休干部的经济待遇、医疗保健、善后事宜及遗属照顾工作等。

机关党委：负责局机关党的建设工作，领导局机关工会、共青团、妇联工作，负责局机关精神文明创建活动。

农业系统工会联合会：执行党的路线、方针、政策和工会工作的方针，负责农业系统（包括局机关）的工会工作，承办扶贫、帮困、献血、捐赠等公益性活动。

水产办：根据国家和省有关渔业发展的方针政策，拟定全市渔业发展战略、中长期发展规划和产业政策，并组织实施。

荆州市农产品质量安全监督检测中心：负责全市农产品质量安全监督检测工作，现有科技人员7人，具备较高专业技术水平和解决问题的能力。

荆州市土壤肥料工作站：负责全市土壤肥料技术的推广应用工作，完成国家和地方下达的土壤肥料科研任务。

荆州市农机安全监理所：宣传、贯彻党和国家关于农机安全生产的方针、政策和法律、法规，执行上级主管部门制定的管理办法、安全措施。

荆州市农机化研究所（荆州市农机化推广站）：从事农业机械及相关技术的研究开发，负责本地区农业新机具新技术的引进、改进、试验、示范和推广。

荆州市渔政船检港监管理处：贯彻实施渔业法律法规，负责全市渔业资源的保护、开发与利用，维护渔业生产秩序。

荆州市长湖水产管理处：负责长湖水生资源增殖保护和开发利用，以及渔业生产、渔业行政执法管理。

荆州市畜牧局：主管畜牧生产，负责全市动物防疫、动物检疫、动物防疫监督工作。

荆州市农村经济经营管理局：负责制订有关农村经济组织经营管理的政策、规定，并组织贯彻、实施、督办。

荆州市农业执法大队：宣传贯彻农业有关法律、法规和各项方针政策，负责全市农业执法人员和有关农资生产、经营上岗人员的培训、考试、考核。

荆州市农业技术推广中心：担负全市农业新技术、新品种引进、试验、示范推广和对广大农民开展技术培训和技术咨询等服务工作。