兰州大学拥有32个院系，其中包括哲学社会学院、经济学院、法学院、政治与行政学院（马列部、德育部）、教育学院、文学院、外国语学院、新闻与传播学院、艺术学院、历史文化学院、管理学院、数学与统计学院、物理科学与技术学院、化学化工学院、资源环境学院、大气科学学院、生命科学学院、信息科学与工程学院、草地农业科技学院、国际文化交流学院、体育教研部、土木工程与力学学院、核科学与技术学院等。这些院系均位于榆中，而本部市区则设有高等职业技术学院、继续教育学院、网络教育学院。

此外，公共卫生学院、基础医学院、临床医学院、口腔医学院（口腔医院）和药学院这五个院系在大一期间位于榆中，之后则移至市区的医学院。各个院系的专业设置和研究方向各不相同，为学生提供了丰富的学术选择。

哲学社会学院注重人文社科领域的研究，经济学院则专注于经济学科的教学与研究，法学院致力于法律领域的教育与实践，政治与行政学院则培养具备政治理论和行政管理能力的人才。教育学院、文学院、外国语学院、新闻与传播学院、艺术学院、历史文化学院等则分别关注教育、文学、语言、新闻传播、艺术和历史等领域。

管理学院、数学与统计学院、物理科学与技术学院、化学化工学院、资源环境学院、大气科学学院、生命科学学院、信息科学与工程学院、草地农业科技学院等则侧重于理科和工科领域的研究，为学生提供扎实的学术基础和科研能力。

国际文化交流学院、体育教研部、土木工程与力学学院、核科学与技术学院等院系则培养具有国际视野和专业技能的人才，致力于推动跨文化交流和体育教育的发展，同时为国家建设提供技术支持。