上虞市食品药品监督管理局内设机构主要分为以下几类：

首先，办公室负责组织协调机关行政事务、政务、文字综合等工作，承办公文运转、新闻宣传、来信来访、统计管理、安全保密等日常工作。同时，办公室还承担着应急管理工作、信息化建设和信息综合、信息公开工作，以及办理市人大代表建议和市政协委员提案。此外，办公室负责局机关后勤保障、资产、财务管理，并监督指导直属单位国有资产和财务管理。同时，办公室组织拟定装备设施规划，负责机关和直属单位干部管理及干部队伍建设工作，负责机构编制、人事管理工作，负责机关和直属单位教育培训，指导开展行政相对人专业知识培训。办公室还组织开展食品药品监管有关的对外交流与合作，组织实施医药专业技术职称评聘和从业人员职业资格准入制度，负责局机关离退休干部的管理服务工作，指导直属单位退休人员管理服务工作。

法制科（行政许可科与其合署）负责规范性文件和行政处罚案件的审核，负责行政执法监督工作。此外，法制科还承办行政复议、行政诉讼应诉和赔偿等工作，主持行政处罚听证，组织行政许可听证。法制科也负责组织普法工作，并管理执法证件。法制科还负责行政审批受理窗口的日常管理，负责行政审批事项的受理、审查、督办、校核，核发行政审批决定书和许可证，规范行政许可和政务公开工作。

餐饮服务监管科监督实施餐饮服务食品安全管理规范，组织实施餐饮服务单位卫生量化分级管理制度，并监督实施餐饮服务食品安全标准，负责重大活动餐饮服务保障工作。餐饮服务监管科还开展餐饮服务食品安全状况调查评价，承担餐饮服务食品安全状况风险监测有关工作，监督抽检餐饮服务食品安全并发布日常监督管理信息。餐饮服务监管科参与餐饮服务环节食品安全事故调查处理，并指导餐饮服务食品检验检测机构的业务工作。

保健食品化妆品监管科负责保健食品监督管理，负责化妆品卫生监督管理。保健食品化妆品监管科监督实施保健食品、化妆品生产经营质量管理规范，监督实施保健食品、化妆品标准和技术规范。保健食品化妆品监管科承担保健食品、化妆品安全性检测和评价、不良反应监测等工作，检查保健品广告发布情况。保健食品化妆品监管科负责保健食品、化妆品检验检测机构的监督管理。

药品医疗器械监管科监督实施药品、医疗器械研制、生产、流通、使用方面的质量管理规范，监督实施药品、医疗器械标准。药品医疗器械监管科监督实施药品分类管理制度，并配合有关部门实施国家基本药物制度。药品医疗器械监管科组织实施中药、民族药监督管理规范和质量标准，监督实施中药材生产质量管理规范、中药饮片炮制规范。药品医疗器械监管科组织实施中药品种保护制度，监管城乡集贸市场中药材交易。药品医疗器械监管科依法监管麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、戒毒药品、放射性药品及特种药械，并负责直接接触药品的包装材料、药用辅料和容器的监督管理。药品医疗器械监管科检查药品、医疗器械广告发布情况。