地理位置不同和途经线路不同。

根据查询零二七艺考网得知，珠海明珠站和珠海站的区别在于地理位置不同和途经线路不同，如下：

1、地理位置不同，珠海站位于中国广东省珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号，明珠站位于中国广东省珠海市明珠北路。

2、途经线路不同，珠海站途经线路为广珠城际铁路和珠机城际铁路，明珠站途经线路为广珠城际铁路。

3、站台规模不同，珠海站站场规模为5台8线，明珠站的站场规模为2台2线。