深圳市基督教三自爱国会的核心职责在于团结和教育深圳地区的基督徒，强调他们爱国爱教，严格遵守国家宪法、法律、法规及政策，同时遵循社会道德规范。他们会积极参与社会主义现代化建设，通过社会公益服务，推动基督教与现代社会的和谐共融。

该会积极支持政府实施宗教信仰自由政策，确保教会权益得到合法维护。在教会管理方面，他们倡导三自原则，实行民主决策，致力于提升深圳教会的运营效率和管理水平。

在国际交往上，深圳市基督教三自爱国会积极拓展与国内外教会的友好关系，促进教会工作的进步，为社会的稳定、国家的统一以及全球和平做出贡献。

与深圳市基督教协会携手，他们共同致力于发展教会自给自足的事业，同时也积极参与社会公共事务，通过开展社会服务，进一步服务于社区和整个社会。