山东农业工程学院提供一系列专业选择，涵盖农林经济管理、食品科学与工程、食品质量与安全、电气工程及其自动化、机械电子工程、机械工程、信息安全、人工智能、测绘工程、土地资源管理、工程造价、遥感科学与技术等。学院还提供春季高考本科和夏季高考省内普通本科等不同层次的课程。

学院在2023年面向山东省的招生计划涵盖了多个学院和专业。公费农科生计划数为10，其中农林经济管理专业面向不同城市就业，如济南、淄博、烟台、德州和滨州，均为本科层次，学制四年，提供免费教育。春季高考本科计划数为205，包括机械电子工程、工程造价、园艺、动物医学等多个专业，春季高考类别涉及机电技术、建筑、现代农艺、畜牧养殖等。夏季高考省内普通本科计划数为2082，涵盖了食品科学与工程、电气工程及其自动化、机械电子工程、机械工程、信息安全、人工智能、测绘工程、土地资源管理、工程造价、遥感科学与技术、设施农业科学与工程、园艺、植物保护、林业工程、中药资源与开发、园林、农林经济管理、物流工程、金融工程、财务管理、审计学、会计学、秘书学、商务英语等专业。

此外，学院还提供了夏季高考省内校企合作本科、中外合作本科、艺术类本科等不同形式的课程。专科层次的招生计划包括食品质量与安全、食品检验检测技术、电气自动化技术、计算机网络技术、电子商务、国土资源调查与管理、园艺技术、园林技术、现代物流管理、大数据与会计、商务英语、应用韩语、软件技术、市场营销、环境艺术设计、视觉传达设计等多个专业。

山东农业工程学院，作为一所由山东省人民政府举办的全日制普通本科高校，其前身可追溯至1971年组建的山东省“五七”干部学校，1983年改建为山东省农业管理干部学院，2013年获得国家教育部批准正式改制为全日制普通本科高校。