有限公司改制为股份有限公司后，企业财务会计报表档案的查询变得更为复杂，需要综合考虑多种因素。具体步骤如下：

首先，可以通过原有公司的财务会计档案进行查询，包括资产负债表、利润表、现金流量表、会计凭证等。这些档案有助于了解改制前公司的财务状况。

其次，新公司成立后，其财务会计档案也是查询的重要途径。这些档案同样包括资产负债表、利润表、现金流量表、会计凭证等，它们有助于了解改制后公司的财务状况。

另外，公司改制过程中产生的财务会计档案也应被充分利用。这包括改制前后的会计凭证、会计账簿、财务报表等，这些档案能够提供改制过程中的财务信息。

最后，还可以查询相关政府文件和报告，如企业改制报告、企业财务报告等，以了解公司改制后的财务情况。这些官方文件和报告具有较高的权威性和可信度。

综上所述，查询企业财务会计报表档案需要全面考虑原有公司的档案、新公司的档案以及公司改制过程中的档案等多方面的信息，才能全面了解公司的财务状况。